それら機械文明と一線を画すのが、魔法と機械を融合させた現代的な文明を創り出しているガストラ帝国である。魔法の力を科学技術を利用して復活させた力、すなわち「魔導」を魔導アーマーといった軍事兵器や、魔導の力を有する兵士の育成に活用しており、魔導の力で増強された軍事力を侵略活動に向けている。しかし、『FFVI』の世界では、この魔法というものは既に滅びた過去の遺物なのである。作品内の時間軸では、プレイヤーがプレイを始める時点の1000年前に滅びたとされている。この点でも、以前の5作とは大きく異なる。ガストラ帝国は、魔法の祖である「幻獣」が住む「幻獣界」に侵入し、そこからさらって来た「幻獣」らを研究することによって「魔導」の力を得ることになる。

魔法の存在が、機械文明に対して大きく影響を与えている。これが『ファイナルファンタジーVI』の背景となる世界観である。